เรื่องราวติดตาม Agent 47 (รับบทโดย Rupert Friend), นักฆ่าที่ถูกสร้างขึ้นโดยการทดลองทางพันธุกรรม ซึ่งทำให้เขามีความสามารถพิเศษในการฆ่าศัตรูอย่างเฉียบขาดและเป็นที่ยอมรับในวงการอาชญากรรม ในขณะที่เขากำลังพยายามหาตัว Dr. Litvenko (รับบทโดย Ciarán Hinds), ผู้สร้างเขาและคนอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้องกับโครงการที่สร้างนักฆ่า
ในระหว่างการตามหานั้น เขาได้พบกับ Hannah Ware (รับบทโดย Hannah Ware), หญิงสาวที่มีความเชื่อมโยงกับการทดลองดังกล่าว ซึ่งเธอมีบทบาทสำคัญในการเปิดเผยความจริงเกี่ยวกับอดีตของ Agent 47 และการสร้างนักฆ่า
