ใน Season 3, Jack Bauer และหน่วยต่อต้านการก่อการร้าย (CTU) ต้องเผชิญกับการก่อการร้ายที่ซับซ้อนขึ้น เมื่อมีการแพร่กระจายของไวรัสชีวภาพที่สามารถทำลายล้างได้ ในขณะที่ Jack พยายามหยุดยั้งการก่อการร้ายครั้งนี้ เขายังต้องจัดการกับผลกระทบจากอดีตและความสัมพันธ์ที่ซับซ้อน
ในซีซันนี้ Jack พบกับ Michelle Dessler (รับบทโดย Reiko Aylesworth) ที่กลับมาในบทบาทสำคัญ และต้องทำงานร่วมกับ Chloe O’Brian (รับบทโดย Mary Lynn Rajskub) ในการสอบสวนและติดตามการเคลื่อนไหวของผู้ก่อการร้าย
