ใน Season 6, เรื่องราวเกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ในซีซันก่อนหน้านี้ โดย Jack Bauer ได้ออกจากการทำงานในหน่วยต่อต้านการก่อการร้าย (CTU) และต้องพยายามใช้ชีวิตอย่างสงบสุข แต่ความสงบสุขนั้นไม่ยั่งยืน เมื่อมีการก่อการร้ายที่เป็นภัยคุกคามต่อความมั่นคงของประเทศ
เหตุการณ์เริ่มต้นเมื่อกลุ่มผู้ก่อการร้ายเตรียมการโจมตีในสหรัฐอเมริกา ซึ่งรวมถึงการใช้ระเบิดนิวเคลียร์ Jack ต้องกลับมาที่ CTU และทำงานร่วมกับทีมเพื่อหยุดยั้งภัยคุกคามที่เกิดขึ้น ในระหว่างการทำงาน เขายังต้องจัดการกับความขัดแย้งทางอารมณ์และความเจ็บปวดจากอดีต
