ใน Season 2, เรื่องราวเกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ในซีซันแรกเพียงไม่กี่เดือน เมื่อมีการก่อการร้ายที่ร้ายแรงมากขึ้น Jack Bauer และทีม CTU ต้องเผชิญกับภัยคุกคามจากกลุ่มผู้ก่อการร้ายที่มีแผนการจะทำลายเมืองลอสแองเจลิสด้วยระเบิดนิวเคลียร์
Jack Bauer ต้องทำงานร่วมกับ Chloe O’Brian (รับบทโดย Mary Lynn Rajskub) และเจ้าหน้าที่ CTU คนอื่น ๆ เพื่อสืบสวนและหยุดยั้งการก่อการร้ายครั้งนี้ ในขณะเดียวกัน เขายังต้องจัดการกับปัญหาส่วนตัว รวมถึงความสัมพันธ์กับครอบครัวและเพื่อน ๆ ที่มีความซับซ้อน
