เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ Naruto Uzumaki และ Tsunade ได้รับมอบหมายให้ปฏิบัติภารกิจในการติดตาม Ninja ที่มีอำนาจเวทย์มนตร์ที่ทรงพลัง ซึ่งมีแผนการที่จะปลดปล่อย “Tower of Heaven” ที่ถูกปิดตายไว้
ในระหว่างการติดตาม Naruto ได้ถูกส่งไปยังอดีตและพบกับช่วงเวลาในอดีตของ Konoha ซึ่งเขาได้พบกับนักนินจาที่มีชื่อเสียงในอดีต และพบว่าเขาต้องเผชิญหน้ากับความท้าทายในการต่อสู้กับศัตรูที่มีพลังมหาศาล
Naruto ต้องใช้ความสามารถและการทำงานร่วมกับนักนินจาที่เขาพบเพื่อหยุดยั้งแผนการร้ายของศัตรูและกลับสู่ปัจจุบัน
