เรื่องราวเริ่มต้นหลังจากเหตุการณ์ใน “Man of Steel” ที่ซูเปอร์แมน (รับบทโดย Henry Cavill) ได้ทำการต่อสู้กับ General Zod ซึ่งส่งผลให้เกิดการทำลายล้างในเมือง Metropolis ทำให้ผู้คนเริ่มเกิดความกลัวและความไม่ไว้วางใจต่อพลังของเขา
ในขณะเดียวกัน Bruce Wayne/Batman (รับบทโดย Ben Affleck) ได้ witness ความเสียหายที่เกิดขึ้นในเมืองและเริ่มเห็นซูเปอร์แมนเป็นภัยคุกคามต่อมนุษยชาติ Bruce ตัดสินใจที่จะหยุดซูเปอร์แมน และเริ่มวางแผนในการสร้างอาวุธเพื่อเอาชนะเขา
ทั้งคู่ต้องเผชิญหน้ากับความเข้าใจผิดและความขัดแย้งในอุดมการณ์ ในขณะเดียวกันมีการแนะนำตัวละครใหม่อย่าง Wonder Woman (รับบทโดย Gal Gadot) ที่เข้ามามีบทบาทสำคัญในการต่อสู้กับศัตรูที่ใหญ่กว่า
