เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อมีการค้นพบศพของผู้หญิงในพื้นที่ชนบทของญี่ปุ่น ซึ่งกลายเป็นจุดเริ่มต้นของเหตุการณ์ลึกลับที่มีความเกี่ยวข้องกับการฆาตกรรมและพลังที่ไม่สามารถอธิบายได้ Shuichi, นักอักษรศาสตร์ (รับบทโดย Kazuya Kamenashi) ได้รับมอบหมายให้สืบสวนคดีนี้ โดยเขาเริ่มสังเกตเห็นลักษณะบางอย่างที่เชื่อมโยงกับการฆาตกรรมที่เกิดขึ้น
ระหว่างการสืบสวน Shuichi ได้พบกับ Laplace’s Witch, ตัวละครลึกลับที่มีความเชื่อมโยงกับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นและนำไปสู่การเปิดเผยความจริงที่น่าสะพรึงกลัว ในขณะเดียวกันเขายังต้องต่อสู้กับความรู้สึกของตัวเองเกี่ยวกับความรักและการสูญเสีย
