ใน Season 3, Nikita ต้องเผชิญกับการเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่ เมื่อเธอและทีมของเธอต้องต่อสู้กับการคุกคามใหม่จาก Alex (แสดงโดย Lyndsy Fonseca) ที่พยายามทำลายองค์กรที่ Nikita ต่อสู้เพื่อทำลาย ซึ่งนำไปสู่ความขัดแย้งภายในทีมและความท้าทายในการรักษาความสัมพันธ์ระหว่างพวกเขา
Nikita ต้องพยายามทำให้ผู้ที่ถูก Division ทำร้ายสามารถกลับมาเป็นอิสระ ในขณะที่ต้องเผชิญหน้ากับอดีตและความผิดพลาดต่าง ๆ ที่เกิดขึ้นในระหว่างการต่อสู้ ทั้งยังมีการพัฒนาอารมณ์ระหว่าง Michael (แสดงโดย Shane West) และ Nikita ซึ่งเพิ่มความเข้มข้นให้กับเรื่องราว
