เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อทีม G.I. Joe ต้องเผชิญหน้ากับการโจมตีจากกลุ่ม Cobra ที่พยายามจะทำลายองค์กร G.I. Joe โดยใช้วิธีการที่ซับซ้อนและเป็นอันตราย หลังจากการโจมตีที่ส่งผลให้สมาชิก G.I. Joe ถูกฆ่าตาย ทีมที่เหลือจึงต้องรวมตัวกันเพื่อเปิดเผยความจริงและหยุดยั้งแผนการของ Cobra
Roadblock (รับบทโดย Dwayne Johnson), Snake Eyes (รับบทโดย Ray Park), และ Jinx (รับบทโดย Elodie Yung) ต้องร่วมมือกันเพื่อต่อสู้กับ Cobra Commander (รับบทโดย Luke Bracey) และการกลับมาของ Zartan (รับบทโดย Arnold Vosloo) เพื่อรักษาความปลอดภัยของประเทศ
