ในภาพยนตร์นี้ เรื่องราวยังคงติดตามชีวิตของ Shinji Ikari (เสียงโดย Masaki Kaji) เด็กหนุ่มที่ต้อง piloting Evangelion Unit-01 เพื่อปกป้องโลกจากการโจมตีของ Angels Shinji ยังคง grappling กับความซับซ้อนทางอารมณ์ของเขา รวมถึงความสัมพันธ์กับพ่อของเขา Gendo Ikari (เสียงโดย Nobuo Tobita) และผู้หญิงรอบข้างเขา
ในภาคนี้ Shinji ได้พบกับตัวละครใหม่ Asuka Langley Shikinami (เสียงโดย Yuko Miyamura) ที่เข้ามาในชีวิตของเขา พร้อมกับมีการพัฒนาความสัมพันธ์และความขัดแย้งระหว่างตัวละครหลักที่ซับซ้อนมากขึ้น เรื่องราวจะพาไปสู่การเผชิญหน้ากับความจริงที่รุนแรงและผลกระทบที่เกิดจากการต่อสู้เพื่อความอยู่รอดของมนุษยชาติ
