เรื่องราวเริ่มต้นจาก เอ็มมา (Amanda Seyfried) หญิงสาวที่ต้องการค้นหาตัวตนและความหมายในชีวิต หลังจากที่เธอได้พบกับการทดลองทางวิทยาศาสตร์ของพ่อที่ทำให้เธอถูกย่อขนาดไปอยู่ในโลกแห่งความมหัศจรรย์ของธรรมชาติ
ในโลกนี้ เอ็มม่าได้พบกับ ลูมินัส (Josh Hutcherson) และ เมนลี่ (Beyoncé Knowles) ซึ่งเป็นสมาชิกของกลุ่มนักรบที่เรียกว่า “Leafmen” พวกเขาต่อสู้เพื่อปกป้องอาณาจักรต้นไม้จาก ทหารของมาร (Colin Farrell) ที่มีแผนการที่จะทำลายความสมดุลของโลก
เอ็มม่าเข้าร่วมการผจญภัยที่เต็มไปด้วยอันตรายและการค้นพบตัวตนในขณะที่เธอต้องช่วยเพื่อนใหม่ของเธอในการต่อสู้กับความชั่วร้ายและค้นหาความหมายของการเป็นส่วนหนึ่งของโลกนี้