เรื่องราวในภาคนี้ยังคงติดตาม Sonic (ให้เสียงโดย Ben Schwartz), เม่นสายฟ้าที่มีความเร็วเหนือธรรมชาติ ที่กำลังพยายามที่จะสร้างชื่อเสียงในเมืองของเขาในฐานะฮีโร่ แต่เมื่อ Dr. Robotnik (รับบทโดย Jim Carrey) กลับมาพร้อมกับพันธมิตรใหม่ Knuckles the Echidna (ให้เสียงโดย Idris Elba), Sonic ต้องร่วมมือกับเพื่อนของเขา Tails (ให้เสียงโดย Colleen O’Shaughnessey) เพื่อหยุดแผนการชั่วร้ายที่พยายามจะครอบครองพลังที่เหลือเชื่อ
ในระหว่างการผจญภัย, Sonic และทีมของเขาต้องเผชิญกับอุปสรรคและการต่อสู้ที่เข้มข้น เพื่อปกป้องโลกจากการครอบครองของ Dr. Robotnik และค้นหาความหมายของการเป็นฮีโร่
