เรื่องราวเกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ในซีรีส์หลัก โดยมี Yugi Mutou และเพื่อน ๆ ของเขาที่ต้องเผชิญกับความท้าทายใหม่ เมื่อ Kaiba Seto (รับบทโดย Kenjiro Tsuda) ซึ่งเป็นคู่แข่งที่ยิ่งใหญ่ของ Yugi ตัดสินใจที่จะค้นหาและต่อสู้กับ Pharaoh Atem ที่เขาเชื่อว่ายังอยู่ในโลกนี้
Kaiba ต้องการจัดการแข่งขันที่สามารถทำให้เขาเผชิญหน้ากับ Atem อีกครั้ง ในขณะที่ Yugi และเพื่อน ๆ ต้องพยายามหยุดเขาและเผชิญหน้ากับศัตรูใหม่ที่ปรากฏตัวขึ้นในรูปแบบของ Dartz ผู้มีอำนาจลึกลับที่ต้องการใช้พลังของการ์ดมืด
