เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ โคนัน (ชินอิจิ คุโด) และกลุ่มเพื่อนของเขาได้รับเชิญให้เข้าร่วมการเดินทางโดยเรือสินค้าขนาดใหญ่ที่มีชื่อเสียงในด้านการขนส่งอาวุธล้ำสมัย ระหว่างการเดินทาง พวกเขาได้พบกับกลุ่มโจรที่มีแผนการจะขโมยเทคโนโลยีและอาวุธเหล่านี้เพื่อใช้ในกิจกรรมที่ผิดกฎหมาย
ขณะที่โคนันและเพื่อนๆ ต้องต่อสู้กับกลุ่มโจรและหยุดยั้งแผนการที่อันตราย พวกเขาก็เริ่มค้นพบความจริงเกี่ยวกับการค้าขายอาวุธในทะเลลึกและความเชื่อมโยงที่เกี่ยวข้องกับการก่ออาชญากรรม
