หลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก Kenshin Himura กลับมาเพื่อปกป้อง Tokyo และผู้คนที่เขารัก แต่เมื่อ Makoto Shishio (รับบทโดย Takeru Satoh) ซึ่งเป็นศัตรูที่มีอำนาจและแผนการที่จะล้มล้างรัฐบาลปราบปรามได้ปรากฏตัวขึ้น Kenshin ต้องเผชิญกับความท้าทายใหม่ที่เกี่ยวข้องกับอดีตของเขาและการต่อสู้เพื่อปกป้องผู้คนจากภัยคุกคาม
Kenshin และเพื่อน ๆ ของเขาต้องเข้าร่วมในการต่อสู้ครั้งยิ่งใหญ่ในเมือง Kyoto เพื่อหยุดยั้ง Shishio และกองทัพของเขา ซึ่งมีความรุนแรงและอันตราย Kenshin จะต้องใช้ทักษะการต่อสู้และประสบการณ์ของเขาเพื่อเอาชนะ Shishio ในขณะที่เขายังต้องต่อสู้กับอดีตของเขาและการตัดสินใจที่ยากลำบาก
