เหตุการณ์ในภาพยนตร์นี้เกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ในอนิเมะซีรีส์ โดยติดตาม เอ็ดเวิร์ด เอลริค (Edward Elric) ซึ่งได้ถูกส่งไปยัง โลกคู่ขนาน ที่แตกต่างจากโลกของเขา ในขณะที่ อลฟอนซ์ เอลริค (Alphonse Elric) น้องชายของเขายังคงอยู่ในโลกที่พวกเขาเคยรู้จัก
ในโลกคู่ขนาน เอ็ดเวิร์ดได้พบกับชีวิตใหม่และความท้าทายใหม่ ๆ โดยเฉพาะกับการพยายามค้นหาวิธีกลับบ้านและเข้าใจเกี่ยวกับความลึกลับของ ชัมบาลา (Shamballa) ในขณะเดียวกันเขาต้องเผชิญหน้ากับองค์กรที่กำลังวางแผนที่จะควบคุมพลังของการแปรธาตุ
การเดินทางของเขาทำให้เขาได้พบกับคนที่มีความสำคัญและเข้าใจถึงความหมายของการเสียสละและการต่อสู้เพื่อสิ่งที่ถูกต้อง
