เรื่องราวเกิดขึ้นหลายปีหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก, Quasimodo (เสียงพากย์โดย Tom Hulce) ยังคงทำหน้าที่เป็นผู้ดูแลหอคอยของมหาวิหารนอเทรอดามในกรุงปารีส เขามีชีวิตที่เรียบง่ายและมีความสุข แต่ยังคงรู้สึกโดดเดี่ยวและแสวงหาความรัก
ในขณะเดียวกัน, Esmeralda (เสียงพากย์โดย Jennifer Love Hewitt) และ Phoebus (เสียงพากย์โดย Kevin Kline) ได้สร้างครอบครัวเล็ก ๆ ขึ้นและทำงานเพื่อช่วยเหลือผู้ที่ต้องการความช่วยเหลือ
ในช่วงเวลานี้, Quasimodo ได้พบกับ Madellaine (เสียงพากย์โดย Hayden Panettiere), หญิงสาวที่เข้ามาในชีวิตของเขาและทำให้เขาหวังว่าจะมีความรักและความสัมพันธ์ที่ลึกซึ้ง อย่างไรก็ตาม, Madellaine มีความสัมพันธ์กับ Frollo ซึ่งเป็นศัตรูของ Quasimodo
