เรื่องราวดำเนินต่อจากเหตุการณ์ในภาคก่อน The Revenge of Scar เมื่อลูกชายของนักวิทยาศาสตร์ที่พยายามแปรธาตุให้ได้สิ่งที่เขาต้องการมีแผนที่จะใช้ Philosopher’s Stone ในการทำให้ฝันของเขาเป็นจริง ขณะที่ Edward Elric (รับบทโดย Ryosuke Yamada) และ Alphonse Elric (รับบทโดย Atom Mizuishi) ต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามใหม่จากพวกที่ต้องการครองโลกและใช้อำนาจของ Philosopher’s Stone ในทางที่ผิด
