ในภาคนี้, Hellboy และทีมงานของเขาที่ B.P.R.D. (Bureau for Paranormal Research and Defense) ต้องเผชิญหน้ากับ Prince Nuada (รับบทโดย Luke Goss), ผู้ที่ต้องการเรียกคืนกองทัพทองคำที่สูญหายไป ซึ่งสามารถทำลายมนุษยชาติได้ โดยการใช้พลังจาก Golden Army เพื่อพิชิตโลก
เรื่องราวจะเน้นไปที่การต่อสู้ระหว่าง Hellboy กับ Prince Nuada และความสัมพันธ์ของเขากับ Liz Sherman (รับบทโดย Selma Blair) และ Abe Sapien (รับบทโดย Doug Jones) ขณะที่พวกเขาต้องหยุดยั้งการเกิดสงครามระหว่างมนุษย์และสิ่งมีชีวิตเหนือธรรมชาติ
