เรื่องราวเกิดขึ้น 10 ปีหลังจากเหตุการณ์ใน “The Phantom Menace.” Galactic Republic กำลังเผชิญกับความตึงเครียดและการก่อตั้ง Separatist Movement ที่นำโดย Count Dooku (รับบทโดย Christopher Lee), ผู้ที่ต้องการแยกตัวออกจากสาธารณรัฐ
Anakin Skywalker (รับบทโดย Hayden Christensen) ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นศิษย์ของ Obi-Wan Kenobi (รับบทโดย Ewan McGregor) ในขณะที่เขาเริ่มสำรวจพลังและบทบาทของเขาในฐานะ Jedi
เมื่อ Senator Padmé Amidala (รับบทโดย Natalie Portman), ผู้แทนของ Naboo, ถูกพยายามลอบสังหาร, Anakin ถูกส่งไปปกป้องเธอ ทั้งสองเริ่มมีความสัมพันธ์ที่ลึกซึ้งขึ้น ในขณะที่ Anakin ต้องต่อสู้กับความรู้สึกของตนเองและคำเตือนจาก Jedi Council เกี่ยวกับความรัก
ในขณะเดียวกัน, Obi-Wan ได้สืบสวนการลอบสังหารและค้นพบแผนการสร้างกองทัพคลอนเพื่อสนับสนุนสาธารณรัฐ ซึ่งนำไปสู่การเปิดฉากสงครามโคลนที่ใหญ่หลวง
