เรื่องราวเกิดขึ้นในช่วงเวลาแห่งความตึงเครียดระหว่าง Galactic Republic และ Separatists ที่นำโดย Count Dooku (รับบทโดย Christopher Lee) สงครามโคลนกำลังดำเนินอยู่ และ Anakin Skywalker (รับบทโดย Hayden Christensen) ได้รับการส่งไปช่วย Obi-Wan Kenobi (รับบทโดย Ewan McGregor) ในการต่อสู้กับ Separatists
ในขณะเดียวกัน, Anakin ต้องเผชิญกับความขัดแย้งภายในใจของเขา โดยเขามีความกังวลเกี่ยวกับการเห็นภาพฝันที่แสดงให้เห็นถึงการสูญเสีย Padmé Amidala (รับบทโดย Natalie Portman), ผู้หญิงที่เขารัก
เมื่อ Anakin ได้พบกับ Palpatine (รับบทโดย Ian McDiarmid), เขาถูกล่อลวงด้วยคำสัญญาอำนาจที่จะช่วยให้เขาปกป้อง Padmé และจบความตึงเครียดในสงคราม Palpatine แท้จริงคือ Darth Sidious, จอมมารที่มีแผนการทำลาย Jedi และสร้าง Galactic Empire
Anakin ตัดสินใจหันไปสู่ด้านมืดของพลังและกลายเป็น Darth Vader, ซึ่งส่งผลกระทบต่อทุกคนรอบตัวเขา รวมถึง Obi-Wan และ Padmé