เรื่องราวเกิดขึ้น 10 ปีหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก ซึ่งในช่วงเวลาดังกล่าว เชื้อไวรัสที่เรียกว่า “Simian Flu” ได้ระบาดและทำให้มนุษยชาติหลายล้านคนเสียชีวิต ขณะเดียวกัน วานรที่ได้รับการฉีดสารพันธุกรรมจาก Caesar (รับบทโดย Andy Serkis) ได้พัฒนาสมองและสร้างสังคมที่เข้มแข็งในป่า
Caesar ได้สร้างอาณาจักรของวานรขึ้น โดยมีลูกชาย Blue Eyes และกลุ่มวานรที่เคารพเขา ขณะเดียวกัน มนุษย์ที่เหลืออยู่ได้พยายามสร้างชุมชนใหม่ใน San Francisco เพื่อเอาชีวิตรอด พวกเขาต้องการไฟฟ้าและน้ำจากภูเขาที่อยู่ใกล้กับที่อยู่อาศัยของวานร
เมื่อวานรและมนุษย์เผชิญหน้ากัน ความขัดแย้งเริ่มเกิดขึ้นและความตึงเครียดระหว่างสองสายพันธุ์นำไปสู่การต่อสู้ที่ท้าทายทั้งสองฝ่ายในการรักษาชีวิตของตน
