เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ แบทแมน (รับบทโดย โซอิจิโร โฮริอุจิ) ถูกส่งกลับไปยังยุคญี่ปุ่นในสมัยศตวรรษที่ 16 โดย โจเกอร์ (Joker) และผู้ร้ายคนอื่น ๆ ที่ใช้พลังของอุปกรณ์จากอนาคตในแผนการที่จะครอง Gotham City แบทแมนต้องร่วมมือกับเหล่าฮีโร่และนินจาในยุคนั้น รวมถึง ร็อคเก็ต (Robin) และ แบทเกิร์ล (Batgirl) เพื่อหยุดยั้งแผนชั่วร้ายนี้
