ในภาพยนตร์นี้ เราได้พบกับ ฮูปา (Hoopa) โปเกมอนที่มีความสามารถในการเรียกโปเกมอนตัวอื่น ๆ ด้วยพลังพิเศษของมัน ซึ่งเป็นโปเกมอนประเภทจิตวิญญาณและมีรูปร่างคล้ายกับเด็กผู้ชายที่มีหูสองข้าง
เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ ซาโตชิ (Ash) และเพื่อน ๆ ของเขาได้พบกับฮูปาในเมือง ฟูล่า (Fula City) ขณะที่พวกเขากำลังสำรวจและสนุกสนาน แต่ฮูปาไม่สามารถควบคุมพลังของมันได้ ทำให้เกิดการเรียกโปเกมอนที่มีชื่อเสียงจากอดีตมาในโลกปัจจุบัน
ความวุ่นวายเกิดขึ้นเมื่อโปเกมอนโบราณที่มีพลังอำนาจสูง เช่น กูเรนดอน (Groudon) และ คีเกลีย (Kyogre) ได้ถูกเรียกออกมาและเริ่มต่อสู้กัน ฮูปาและเพื่อน ๆ ต้องรวมพลังกันเพื่อหยุดยั้งความวุ่นวายและปกป้องเมืองจากการถูกทำลาย
