เรื่องราวเกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก โดยมุ่งเน้นไปที่องค์กร Monarch, กลุ่มที่ศึกษามอนสเตอร์ยักษ์ต่าง ๆ ที่มีอยู่ทั่วโลก หลังจากเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในเมืองซานฟรานซิสโก, โลกเริ่มเผชิญกับภัยคุกคามจากมอนสเตอร์ที่มีชื่อเสียงมากมาย เช่น King Ghidorah, Mothra, และ Rodan
องค์กร Monarch ต้องทำงานร่วมกับผู้เชี่ยวชาญเพื่อจัดการกับการกลับมาของ Godzilla ซึ่งเป็นราชันแห่งมอนสเตอร์ และเผชิญหน้ากับ King Ghidorah, มอนสเตอร์ที่มีพลังเหนือมนุษย์และกำลังมุ่งหวังที่จะครองโลก
ในขณะเดียวกัน, ทีมงานต้องเผชิญหน้ากับความขัดแย้งภายใน และคำถามเกี่ยวกับบทบาทของมนุษย์ในโลกที่มีมอนสเตอร์ เมื่อโลกอยู่ในอันตรายจากการต่อสู้ระหว่าง Godzilla และ King Ghidorah
