เรื่องราวเริ่มต้นในปี 1999 เมื่อมีการค้นพบรังของสิ่งมีชีวิตขนาดใหญ่ในญี่ปุ่นที่นำไปสู่การระเบิดของโรงงานนิวเคลียร์ จากเหตุการณ์นี้มีการสร้างความสับสนและการปกปิดความจริงเกี่ยวกับสิ่งที่เกิดขึ้น
ต่อมาในปี 2014, Ford Brody (รับบทโดย Aaron Taylor-Johnson), นักทหารที่กลับมาที่ญี่ปุ่นเพื่อหาความจริงเกี่ยวกับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นในอดีต เขาพบว่าเกิดการปรากฏตัวของ MUTO (Massive Unidentified Terrestrial Organism), สัตว์ประหลาดที่มีขนาดใหญ่ที่มีพลังทำลายล้างสูง และกำลังมุ่งหน้ามายังสหรัฐอเมริกา
ในขณะเดียวกัน, Godzilla, สัตว์ประหลาดที่มีอำนาจอันยิ่งใหญ่, ได้กลับมาที่โลกอีกครั้ง เพื่อต่อสู้กับ MUTO และปกป้องโลกจากการทำลายล้าง การต่อสู้ระหว่าง Godzilla และ MUTO จึงเกิดขึ้นในเมืองใหญ่ โดยมีผลกระทบต่อผู้คนจำนวนมาก
