เนื้อเรื่องเริ่มต้นในช่วงที่เมืองอเล็กซานเดรียเผชิญกับความขัดแย้งระหว่างชาวคริสต์และชาวพุทธ รวมถึงการทะเลาะวิวาทระหว่างนักปรัชญาและนักวิทยาศาสตร์ ในขณะที่ Hypatia พยายามค้นหาความจริงเกี่ยวกับจักรวาลและการเคลื่อนที่ของดวงดาว เธอต้องเผชิญกับความกดดันจากสังคมที่มีการเปลี่ยนแปลงศาสนาและการต่อสู้ที่รุนแรง