หลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก Ellen Ripley (แสดงโดย Sigourney Weaver) ได้ถูกกู้คืนจากยานอวกาศ Nostromo และพบว่าตนเองต้องเผชิญกับโลกที่เปลี่ยนไปเมื่อเวลาผ่านไป 57 ปี เมื่อเธอกลับมาที่โลก เธอพบว่ามีการตั้งถิ่นฐานบนดาว LV-426 ซึ่งเป็นดาวเคราะห์ที่พวกเขาเคยสำรวจในภาคแรก
เมื่อมีการติดต่อกับสถานีอวกาศและการหายไปของนักอพยพ Ripley จึงถูกบังคับให้กลับไปที่ LV-426 ร่วมกับทีมทหารและนักสำรวจเพื่อค้นหาความจริงเกี่ยวกับการหายไปของนักอพยพ และเผชิญหน้ากับภัยคุกคามที่ใหญ่หลวงจากเอเลี่ยนที่ยังมีชีวิตอยู่
ทีมงานต้องต่อสู้กับเอเลี่ยนที่มีความชาญฉลาดและอันตรายมากขึ้น ในขณะที่ Ripley ต้องเผชิญหน้ากับความกลัวและความรู้สึกผิดจากเหตุการณ์ในอดีต
