หลังจากที่ประสบความสำเร็จในวงการเพลง แอลวิน, ไซมอน, และธีโอดอร์ ต้องกลับไปโรงเรียนเมื่อเดฟ (Jason Lee) ประสบอุบัติเหตุและต้องพักฟื้น การกลับไปที่โรงเรียนทำให้พวกเขาต้องปรับตัวกับชีวิตในฐานะนักเรียน ในขณะเดียวกัน ชิพมังค์ต้องเผชิญกับการแข่งขันจากกลุ่มชิพมังค์หญิงที่มีชื่อว่า The Chipettes ซึ่งประกอบไปด้วย Brittany, Eleanor, และ Jasmine
การเข้าร่วมการแข่งขันร้องเพลงในโรงเรียนทำให้พวกเขาต้องร่วมมือกันและพัฒนาทักษะทางดนตรีเพื่อคว้าชัยชนะ แต่ความท้าทายและปัญหาต่าง ๆ เริ่มเข้ามาเมื่อความไม่ลงรอยกันเกิดขึ้นระหว่างพวกเขา และพวกเขาต้องเรียนรู้ถึงความสำคัญของการทำงานร่วมกัน
