ในภาคนี้ ชิพมังค์ทั้งสาม—แอลวิน, ไซมอน, และ ธีโอดอร์—เดินทางไปกับเดฟ (Jason Lee) เพื่อเข้าร่วมการแสดงที่เกาะเขตร้อน เมื่อการเดินทางเริ่มต้นขึ้น พวกเขาได้พบกับเหตุการณ์ที่ไม่คาดคิด ทำให้พวกเขาเกิดอุบัติเหตุและต้องติดอยู่บนเกาะร้าง
ระหว่างที่ติดอยู่บนเกาะ พวกเขาต้องเผชิญกับความท้าทายใหม่ ๆ รวมถึงการต่อสู้เพื่อเอาชีวิตรอดและการค้นหาทางกลับบ้าน โดยเฉพาะเมื่อพวกเขาได้พบกับกลุ่มชิพมังค์ใหม่ที่ชื่อว่า The Chipettes ที่ช่วยเพิ่มความน่าสนใจและสนุกสนานให้กับเรื่องราว
