ในภาคนี้ อาร์เธอร์ (Arthur) ต้องกลับสู่โลกของมินิมอยส์อีกครั้ง เมื่อเขาเรียนรู้ว่า มอลตาซาร์ด (Maltazard) ศัตรูตัวฉกาจของเขากำลังวางแผนที่จะครอบครองโลกทั้งสองใบ หลังจากที่เขาได้แปรสภาพเป็นยักษ์และต้องการพิชิตโลกของมนุษย์ อาร์เธอร์จึงต้องรวมทีมกับเพื่อน ๆ ของเขาเพื่อหยุดมอลตาซาร์ดและกอบกู้โลกของมินิมอยส์
