เรื่องราวเกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก Milo Thatch (ให้เสียงโดย Michael J. Fox) และเพื่อน ๆ ของเขาจาก Atlantis ต้องเผชิญกับความท้าทายใหม่ในการปกป้องอารยธรรมแอตแลนติสจากภัยคุกคามต่าง ๆ ที่เกิดขึ้นจากการขยายอำนาจของแอตแลนติส
ในภาคนี้ ทีมของ Milo รวมถึง Kida (ให้เสียงโดย Cree Summer), Vinny (ให้เสียงโดย Don Novello), และ Helga (ให้เสียงโดย Jacqueline Obradors) ต้องร่วมมือกันในการสำรวจปัญหาที่เกิดขึ้นในโลกภายนอก และค้นหาวิธีในการปกป้องแอตแลนติสจากศัตรูที่มองหาวิธีในการใช้พลังของเมือง
