เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ Batman (แบทแมน) ต้องเผชิญกับ The Shredder และ Foot Clan ที่ได้ร่วมมือกับ Ra’s al Ghul เพื่อสร้างความวุ่นวายในเมือง Gotham ในเวลาเดียวกัน Teenage Mutant Ninja Turtles (เต่าทางน้ำ) ซึ่งรวมถึง Leonardo, Michelangelo, Donatello, และ Raphael ก็เดินทางมาที่ Gotham เพื่อหยุดยั้งความชั่วร้ายนี้
เมื่อแบทแมนและเต่าทางน้ำมาพบกัน ทั้งสองกลุ่มต้องเรียนรู้ที่จะทำงานร่วมกันเพื่อเอาชนะศัตรูที่มีพลังอำนาจและประสบการณ์ การต่อสู้และความแตกต่างระหว่างโลกของแบทแมนและโลกของเต่าทางน้ำสร้างความตึงเครียดและอารมณ์ขันในระหว่างการผจญภัยของพวกเขา
