ในภาพยนตร์นี้ Ben Tennyson (เสียงพากย์โดย Duncan Ollerenshaw) ต้องเผชิญหน้ากับภัยคุกคามที่มาจาก Vilgax (เสียงพากย์โดย Steve Blum), ศัตรูที่ใหญ่ที่สุดของเขา ซึ่งกลับมาอีกครั้งพร้อมกับแผนการที่น่าสะพรึงกลัวเพื่อครองจักรวาล
เมื่อ Ben ต้องถูกไล่ล่าและถูกกล่าวหาว่าเป็นอาชญากร เขาจึงต้องออกเดินทางเพื่อต่อสู้และพิสูจน์ความบริสุทธิ์ของตัวเอง โดยมี Gwen และ Kevin เพื่อนสนิทคอยช่วยเหลือในภารกิจนี้
ภาพยนตร์นำเสนอการผจญภัยที่น่าตื่นเต้น พร้อมด้วยการใช้พลังของ Omnitrix ที่ช่วยให้ Ben สามารถแปลงร่างเป็นเอเลียนต่าง ๆ ในการต่อสู้กับศัตรู
