เรื่องราวเริ่มต้นหลังจากเหตุการณ์ใน “Avengers: Age of Ultron” เมื่อการกระทำของซูเปอร์ฮีโร่ในการต่อสู้กับอาชญากรรมทำให้เกิดความเสียหายมากมาย รวมถึงการสูญเสียชีวิตของประชาชน
รัฐบาลตัดสินใจที่จะเสนอ Sokovia Accords, ข้อตกลงที่ต้องการให้ซูเปอร์ฮีโร่ลงทะเบียนและทำงานภายใต้การควบคุมของรัฐบาล ซึ่งทำให้เกิดความขัดแย้งระหว่างซูเปอร์ฮีโร่
Steve Rogers (รับบทโดย Chris Evans), หรือ กัปตันอเมริกา, ต่อต้านข้อตกลงนี้ เพราะเขาเชื่อว่ามันจะจำกัดเสรีภาพในการทำสิ่งที่ถูกต้อง ในขณะที่ Tony Stark (รับบทโดย Robert Downey Jr.), หรือ Iron Man, สนับสนุนข้อตกลงเพราะเขาเชื่อว่าความรับผิดชอบนั้นสำคัญ
