เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อ โคนัน (ชินอิจิ คุโด) และกลุ่มเพื่อนของเขาเดินทางไปยัง เมืองปริศนา ซึ่งมีชื่อเสียงในด้านการท่องเที่ยวและบรรยากาศที่ลึกลับ ขณะที่พวกเขาอยู่ในเมืองนี้ เหตุการณ์ฆาตกรรมที่น่าสะพรึงกลัวเริ่มเกิดขึ้น ทำให้ทุกคนในเมืองต่างตื่นตระหนก
ในเมืองนี้มีคนหลายคนที่มีความเกี่ยวข้องกับการฆาตกรรม และโคนันต้องใช้ทักษะในการสืบสวนเพื่อค้นหาตัวฆาตกร นอกจากนี้ยังมีปริศนาลึกลับเกี่ยวกับอาคารโบราณในเมืองที่ซ่อนอยู่ ซึ่งทำให้เรื่องราวมีความตึงเครียดและน่าสนใจมากยิ่งขึ้น
