เรื่องราวเกิดขึ้นหลังจากเหตุการณ์ใน Death Note 2: The Last Name เมื่อ L ได้รู้ว่าตนเองมีเวลาเพียง 23 วันก่อนที่จะเสียชีวิตจากโรคร้าย ในระยะเวลาที่เขามีอยู่ L ต้องทำงานเพื่อหยุดยั้งการแพร่กระจายของไวรัสอันตรายที่กำลังจะนำไปสู่การสูญพันธุ์ของมนุษย์
L เริ่มการสืบสวนเพื่อค้นหาผู้ที่อยู่เบื้องหลังการสร้างไวรัสนี้และต้องเผชิญหน้ากับศัตรูที่มีอำนาจมาก รวมถึงต้องช่วยเหลือเด็กสาวที่เกี่ยวข้องกับเหตุการณ์นี้อีกด้วย ในขณะที่เขาพยายามที่จะเปิดเผยความจริงและรักษาชีวิตของมนุษย์จากการทำลายล้าง
