หลังจากที่ Light Yagami ได้รับสมุดมรณะและเริ่มใช้พลังในการกำจัดอาชญากรเพื่อสร้างโลกใหม่ที่เขาต้องการ ภาคนี้เน้นไปที่การเผชิญหน้าที่เข้มข้นระหว่าง Light และ L ที่กำลังพยายามเปิดเผยตัวตนของ Kira (ชื่อที่ Light ใช้ในการสังหารผู้คน)
ในระหว่างการดำเนินเรื่อง Light ต้องเผชิญหน้ากับอุปสรรคมากมาย ทั้งความพยายามในการซ่อนตัวตนและการสร้างความสัมพันธ์กับ Misa Amane (รับบทโดย เอริกะ ซาวาจิริ) นักแสดงหญิงที่มีความรักต่อ Light และต้องการช่วยเขา ในขณะเดียวกัน L ก็ต้องใช้ความเฉลียวฉลาดและทักษะของเขาในการติดตามและจับตัว Kira
