เรื่องราวเริ่มต้นที่ Shinichi Kudo (ยอดนักสืบวัยรุ่น) นักสืบที่มีชื่อเสียงในวัยรุ่นและมีความสามารถในการไขปริศนาได้อย่างยอดเยี่ยม ขณะที่เขาออกไปทำการสืบสวนที่สวนสนุก เขาได้พบกับเหตุการณ์ที่ไม่ปกติ ซึ่งเป็นการฆาตกรรมที่เขาไม่สามารถหลีกเลี่ยงได้
หลังจากที่ Shinichi ถูกโจมตีโดยองค์กรลับที่ชื่อว่า Black Organization, เขาได้รับยาที่ทำให้เขาเปลี่ยนร่างเป็นเด็กเล็ก และต้องใช้ชื่อใหม่ว่า Conan Edogawa เพื่อปกปิดตัวตน
ในขณะที่เขาต้องหาวิธีกลับคืนสู่ร่างเดิม เขายังต้องใช้ทักษะการสืบสวนในการช่วยไขคดีและปกป้องคนที่เขารัก รวมถึง Ran Mouri (ที่เขาหลงรัก) และ Kogoro Mouri (นักสืบที่ทำงานอยู่ในสำนักงานสืบสวน)
