ในเรื่องนี้ เราจะได้เห็น Shinichi Kudo, นักสืบวัยรุ่นที่มีความสามารถยอดเยี่ยม, ถูกดึงเข้าสู่วงการสืบสวนหลังจากที่เขาได้เห็นการฆาตกรรมในสวนสนุก เขาเป็นนักสืบที่มีชื่อเสียงและเป็นที่รู้จักในฐานะ “ยอดนักสืบ”
ในขณะทำการสืบสวน, Shinichi ถูกโจมตีโดยองค์กรลับที่เรียกว่า Black Organization และถูกบังคับให้ดื่มยาที่ทำให้เขากลายเป็นเด็กเล็ก ทำให้เขาต้องใช้ชื่อใหม่ว่า Conan Edogawa เพื่อปกปิดตัวตน
Conan ใช้ทักษะการสืบสวนของเขาเพื่อช่วยไขปริศนาและคดีต่าง ๆ ที่เกิดขึ้น รวมถึงการปกป้องคนที่เขารัก เช่น Ran Mouri ซึ่งเขามีความรู้สึกพิเศษให้กับเธอ ในขณะเดียวกันเขาก็ต้องหาวิธีที่จะกลับคืนร่างเป็น Shinichi
