ในภาคนี้ โคนันและกลุ่มนักสืบเด็กได้พบกับคดีฆาตกรรมที่เกี่ยวข้องกับองค์กรลึกลับ “Black Organization” ซึ่งเป็นศัตรูที่คอยตามล่าตัวโคนันอยู่เสมอ เมื่อการสืบสวนเริ่มขึ้น โคนันต้องเผชิญกับศัตรูที่มีความสามารถในการลอบสังหารและการวางแผนที่ชาญฉลาด
เรื่องราวเริ่มต้นเมื่อโคนันต้องช่วยเหลือ Hyoue Kuroda (ผู้บัญชาการตำรวจ) และทีมตำรวจจากการถูกลอบฆ่า ขณะที่พวกเขาพยายามเปิดเผยความจริงเกี่ยวกับองค์กรลึกลับและตัวตนของศัตรู ความตึงเครียดและการหักมุมเกิดขึ้นตลอดทั้งเรื่อง ในขณะที่โคนันต้องใช้ทักษะการสืบสวนและการคิดวิเคราะห์เพื่อไขปริศนาและปกป้องคนที่เขารัก
