เรื่องราวใน “The Scarlet Bullet” เกิดขึ้นในช่วงที่ World Sports Games (WSG) กำลังจะจัดขึ้นที่โตเกียว ซึ่งเป็นงานแข่งขันกีฬาที่มีชื่อเสียงและมีการจัดการที่ยุ่งเหยิง ในงานนี้มีการเปิดตัว “Scarlet Bullet” เทคโนโลยีใหม่ในการขนส่งที่มีความเร็วสูง แต่เหตุการณ์ที่ไม่คาดคิดเกิดขึ้นเมื่อมีการลอบสังหารที่เกี่ยวข้องกับงานนี้
Shinichi Kudo (หรือ Conan Edogawa) ต้องพยายามสืบสวนคดีที่เกิดขึ้น ในขณะเดียวกันก็ต้องพบกับความลับที่เกี่ยวข้องกับ Akai Shuichi (สายลับที่มีชื่อเสียง) และ Kyougoku Makoto (ผู้เชี่ยวชาญด้านการต่อสู้)
เมื่อ Conan และเพื่อน ๆ ของเขาเริ่มสืบสวนเกี่ยวกับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น พวกเขาพบว่าการลอบสังหารนี้เกี่ยวข้องกับอาชญากรรมที่ซับซ้อนและมีการเคลื่อนไหวของกลุ่มอาชญากรที่มีอำนาจ
