ในภาคนี้, โคนันและทีมงานของเขาต้องเผชิญกับอันตรายใหม่เมื่อพวกเขาถูกดึงเข้าไปในคดีฆาตกรรมที่เกิดขึ้นบนเรือดำน้ำทหารที่ทันสมัย ในขณะที่พวกเขาพยายามค้นหาความจริงเบื้องหลังเหตุการณ์ลึกลับนี้ โคนันต้องใช้ทักษะการสืบสวนของเขาเพื่อเปิดเผยความลับที่ซ่อนอยู่และหยุดการวางแผนร้ายที่อาจก่อให้เกิดภัยพิบัติ
