หลังจากเหตุการณ์ใน 2.22, Shinji Ikari (เสียงโดย Masaki Kaji) ตื่นขึ้นมาในโลกที่มีการเปลี่ยนแปลงมากมาย เมื่อเขากลับมาจากการต่อสู้กับ Angels, เขาพบว่าภาวะโลกแตกที่เกิดขึ้นทำให้มนุษยชาติประสบปัญหาทางจิตใจและสังคม
Shinji ต้องเผชิญกับความจริงที่ยากจะรับมือเกี่ยวกับความสัมพันธ์ของเขากับ Asuka Langley Shikinami (เสียงโดย Yuko Miyamura) และ Rei Ayanami (เสียงโดย Megumi Hayashibara) ในขณะที่เขาพยายามทำความเข้าใจเกี่ยวกับตัวตนของตนและบทบาทที่เขาเล่นในโลกนี้
