ภาพยนตร์ตั้งอยู่หลังจากเหตุการณ์ในเกม Final Fantasy VII และเล่าเรื่องราวของ คลาวด์ สเตฟฟ์ (Cloud Strife) ที่ต้องเผชิญกับการกลับมาของภัยคุกคามใหม่เมื่อ เจนเนซิส (Genesis) และกลุ่ม เซลส์ (SOLDIER) ซึ่งมีความเกี่ยวข้องกับองค์กร ชินระ (Shinra) ที่พยายามหาวิธีที่จะฟื้นคืนชีวิตขึ้นมา
ในขณะที่คลาวด์พยายามจะค้นหาความสงบสุขในชีวิต เขากลับต้องพบกับอดีตที่เจ็บปวดและความกดดันจากความรับผิดชอบที่มีต่อเพื่อนของเขา โดยเฉพาะในช่วงที่มีการระบาดของโรค เซนทินส์ (Geostigma) ที่ทำให้ผู้คนทั่วเมืองต้องเผชิญกับอาการแย่ลง
คลาวด์และเพื่อนๆ ของเขา เช่น ทีฟา (Tifa Lockhart), เรด XIII (Red XIII), และ บาร์เร็ต (Barret Wallace) ต้องร่วมมือกันต่อสู้กับความชั่วร้ายและช่วยเหลือผู้ที่ต้องการความช่วยเหลือในสถานการณ์ที่เลวร้ายนี้
