เรื่องราวเริ่มต้นขึ้นเมื่อ เจสซี่ (รับบทโดย เจสัน เจมส์ ริทเทอร์ (Jason James Richter)) เด็กชายที่มีความสัมพันธ์อันลึกซึ้งกับวาฬวิลลี่ ต้องเผชิญกับความท้าทายใหม่ในชีวิต เมื่อเขาได้เรียนรู้ว่าวาฬเพชฌฆาตตัวที่เขาช่วยในภาคแรกกำลังประสบปัญหาที่น่ากังวลจากการสูญเสียที่อยู่อาศัย
ในขณะที่เจสซี่พยายามจะกลับไปเยี่ยมวิลลี่ เขาได้พบกับ น้องชาย (รับบทโดย พอลี่ ชอว์ (Pola Changnon)) และทั้งคู่ต้องร่วมมือกันเพื่อปกป้องวิลลี่และพยายามช่วยเหลือวาฬตัวอื่น ๆ ที่กำลังอยู่ในอันตรายจากการพัฒนาชายฝั่งและการจับสัตว์น้ำ
