หลังจากเหตุการณ์ในภาคแรก, Jesse ได้มีชีวิตใหม่และอยู่กับครอบครัวของเขา แต่เขายังคงมีความผูกพันกับ Willy และต้องการที่จะดูแลเพื่อนของเขาให้ดี Jesse และครอบครัวได้เดินทางไปที่ Pacific Northwest และที่นั่นเขาได้พบกับ Willy อีกครั้ง
อย่างไรก็ตาม, Willy และครอบครัวของเขาต้องเผชิญกับอันตรายเมื่อมีการวางแผนที่จะทำลายที่อยู่อาศัยของวาฬและสัตว์น้ำอื่น ๆ ในพื้นที่ Jesse จึงต้องร่วมมือกับเพื่อนใหม่ของเขาเพื่อช่วย Willy และครอบครัวของเขาจากอันตรายที่เข้ามา
