ในภาคนี้, Jesse (รับบทโดย Jason James Richter) ตอนนี้เติบโตขึ้นและยังคงมีความสัมพันธ์ที่แน่นแฟ้นกับ Willy วาฬเพชฌฆาตที่เขาช่วยชีวิตในภาคแรก ในครั้งนี้ Jesse ได้รับรู้ถึงการคุกคามที่เกิดขึ้นกับ Willy และเพื่อนวาฬอื่น ๆ เมื่อมีการพยายามจับวาฬเพื่อใช้ในการแสดงในสวนสัตว์
Jesse ร่วมมือกับ Randall (รับบทโดย Michael Madsen) และเพื่อนใหม่ Annie (รับบทโดย **Jesse) เพื่อช่วย Willy จากอันตรายที่กำลังใกล้เข้ามา พวกเขาต้องเผชิญกับความท้าทายและอุปสรรคต่าง ๆ ในการช่วยเหลือ Willy และวาฬที่ถูกจับอื่น ๆ ให้กลับสู่ทะเล
