ใน Godzilla Minus One, เรื่องราวเกิดขึ้นในช่วงเวลาหลังจากเหตุการณ์ที่ทำให้ญี่ปุ่นต้องเผชิญกับการทำลายล้างครั้งใหญ่จากการปรากฏตัวของ Godzilla ที่กลับมาอีกครั้ง เพื่อสร้างความหวาดกลัวและทำลายล้าง
ภาพยนตร์จะสำรวจผลกระทบที่เกิดขึ้นต่อสังคมและผู้คนในญี่ปุ่นเมื่อพวกเขาต้องต่อสู้กับสัตว์ประหลาดยักษ์นี้ ในขณะเดียวกัน เราจะได้เห็นความพยายามของรัฐบาลและหน่วยงานต่าง ๆ ที่พยายามหาวิธีจัดการกับการคุกคามจาก Godzilla
