เรื่องราวเกิดขึ้นในอนาคตที่โลกถูกโจมตีโดย Godzilla และสัตว์ประหลาดอื่น ๆ ทำให้มนุษย์ต้องหนีออกจากโลกและหาที่หลบภัยในอวกาศ โดยมีการใช้เวลาเดินทางยาวนานจนเมื่อพวกเขากลับมาที่โลกอีกครั้ง ก็พบว่าโลกเปลี่ยนไปมากและเต็มไปด้วยอันตราย
Haruo Sakaki (ให้เสียงโดย Mamoru Miyano) เป็นตัวละครหลักที่นำกลุ่มผู้รอดชีวิตกลับมายังโลกเพื่อต่อสู้กับ Godzilla และพยายามฟื้นฟูมนุษยชาติ ในขณะที่พวกเขาพยายามทำความเข้าใจกับพลังของ Godzilla และค้นหาวิธีที่จะเอาชนะมัน